El Club Deportivo Noblejas tiene sus orígenes en torno al año 1950. Aunque no se conoce con certeza quién fue su fundador, se cree que surgió gracias a un grupo de amigos que, tras su jornada laboral, se reunían en la denominada "era tonta" para jugar al fútbol.
El primer campo de juego se encontraba en el extrarradio de la localidad, en la zona norte, donde jóvenes del municipio entrenaban y participaban en torneos locales organizados con motivo de las fiestas.
En 1965, se construyó un nuevo campo en el "Paseo de la Estación", ubicado cerca de la línea ferroviaria Madrid-Cuenca. Fue en esta etapa cuando el C.D. Noblejas comenzó su participación en la 2ª Autonómica de Castilla-La Mancha.
Años más tarde, en 1980, con la inauguración del nuevo polideportivo municipal, el club trasladó allí sus entrenamientos y partidos. Sin embargo, en 1985, una crisis interna marcada por discrepancias en la directiva y problemas financieros provocó la desaparición temporal del equipo.
El renacer del club (1993-2000)
En 1993, el Ayuntamiento de Noblejas impulsó la recuperación del club con la creación de una Escuela Municipal de Fútbol. El proyecto comenzó con un equipo infantil, el E.M.F. Noblejas, y fue creciendo progresivamente.
En 1994, la escuela ya contaba con equipos en categorías Alevín, Infantil y Cadete, y en 1995 se formó el equipo Juvenil.
El año 1996 marcó un hito en la estructura del club, con Ángel Luengo Garro asumiendo la coordinación deportiva y la responsabilidad del equipo. Ese mismo año, el C.D. Noblejas retomó la competición en 2ª Autonómica.
En 1998, el equipo juvenil conquistó su primer título de liga juvenil provincial, marcando el inicio de una nueva etapa de éxitos.
Ascensos y consolidación en categorías superiores (2000-2010)
Durante la temporada 2003/2004, el primer equipo logró el ascenso a 1ª Preferente, aunque descendió a 2ª Autonómica en la campaña siguiente.
En 2007, tras una reestructuración de las divisiones, el club consiguió el ascenso a 1ª Autonómica, y en 2008 volvió a subir a 1ª Preferente.
El equipo juvenil sumó su segundo título provincial en la temporada 2008-2009.
En la campaña 2011-2012, el C.D. Noblejas finalizó tercero en su grupo, quedándose a un paso del ascenso a Tercera División. Sin embargo, debido a problemas financieros, el club decidió descender voluntariamente a Primera Autonómica, disolviendo además su equipo filial, el C.D. Noblejas "B".
Crecimiento y nuevas iniciativas (2014-2020)
El equipo juvenil logró su tercer título provincial en la temporada 2014-2015.
En 2016-2017, el juvenil se clasificó para la Fase Provincial de Ascenso a Liga Nacional Juvenil, logrando el objetivo tras vencer al Élite Talavera.
En 2018, el equipo Alevín "A" hizo historia al conquistar la "Gandía Cup", el primer título internacional del club, tras una emocionante tanda de penaltis ante el UE Gandía.
Con el auge de los deportes electrónicos, el club creó su sección de eSports, compitiendo en el videojuego FIFA (PS4).
En la temporada 2018-2019, el C.D. Noblejas logró el ascenso a Primera Autonómica Preferente, regresando a la categoría tras siete años de ausencia.
La campaña 2019-2020 quedó marcada por el parón deportivo a causa de la pandemia. Hasta ese momento, la mayoría de los equipos del club lideraban sus respectivas clasificaciones. Durante este período, el equipo de eSports cobró mayor relevancia, llegando a disputar los PlayOffs de ascenso en la Competición VFO.
Logros recientes y el histórico ascenso a 3ª RFEF (2021-presente)
En la temporada 2020-2021, la competición regresó con restricciones. Solo los equipos senior y juvenil participaron en sus respectivas ligas, finalizando en 5ª y 4ª posición, respectivamente.
Durante la 2021-2022, el primer equipo firmó una campaña histórica, logrando su récord de puntos en Primera Autonómica Preferente y finalizando en tercer lugar, lo que le permitió disputar la eliminatoria previa de la Copa del Rey.
En la primera fase, el C.D. Noblejas venció al Manzanares C.F. con un doble 2-0 en la ida y la vuelta. En la ronda definitiva, el equipo se enfrentó al C.D. Cazalegas, empatando 0-0 en casa y jugándose el pase en la vuelta.
Finalmente, en la temporada 2023-2024, el C.D. Noblejas logró el histórico ascenso a 3ª RFEF el 19 de mayo, tras empatar en Yuncos en la última jornada de liga, consolidando así el sueño del fútbol noblejano.